孔有德拿下登州之后，立刻孔有德等人开始建立伪政权，这时称王称帝他们还不太敢，而是建立了一个军政府，他们首先推举最年长的李九成为都元帅坐头把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三，他们竟然还以缴获的登莱巡抚印来号令登莱各州县。然后四处出击，而这个时候，莱州城如同历史上一般起到了力挽狂澜的作用。

明廷新任命了徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚，谢琏在莱州城指挥作战，徐从治坐镇青州负责增援、后勤，但为了安抚民心，徐从治依然也进驻莱州，进入了最前沿。很快叛军就将莱州围了个水泄不通，这样在这个包围圈中，有徐从治、谢琏两位巡抚、莱州知府朱万年、总兵杨御蕃，他们都毫不犹豫的选择抵抗到底。

萧严这个时候已经带着宣府的军队开到了济南，看到叛军的声势才发现自己兵带少了。没关系，各地援军也在陆续抵达。问题是，朝廷这个时候并不是在讨论怎么剿灭叛军，而是在忙着追究孙元化的死罪，在忙着招抚。

萧严听闻后气得直跳脚，要不怎么说这帮子文官误国呢？这造反的事情还有什么可招抚的，集权制度下，造反就是一个字，杀，招抚了也要杀，可什么玩笑，这造反还有理啦？这个时候不杀难道等着天下人人响应，纷纷揭竿而起才后悔不成。不知不觉中，萧严的思想已经被张振岳影响了许多，要知道过去他可是一直坚持所谓的“官逼民反”的。

和萧严持有相同观点的还有山东巡抚徐治，徐从治派人趁夜潜出城，将一封奏章送到了北京，阐明了战况，并请求皇帝不要再招抚，要全力以赴的围剿叛军，他在奏章中动情地说：：“莱城被围五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必为抚议误矣。国臣致书臣，内抄诏旨并兵部谕帖，乃知部臣已据国臣报，达圣听。夫国臣桑梓情重，忍欺圣明而陷封疆。……臣死当为厉鬼以杀贼，断不敢以抚谩至尊，淆国是，误封疆，而戕生命也。”但这么重要的一封奏章，崇祯帝竟然没有看到。

由于山东巡抚被围莱州，无人统一协调指挥援军，援军停顿不前，朝廷再次任命兵部右侍郎刘宇烈为总督，全权指挥各路援军，与他一起来的还有京城神机营和五门红夷大炮，用以和叛军对抗。但这个刘宇烈也是个主抚的文官，不积极组织进剿，却被叛军的再次诈降迷惑，还释放了被俘的叛军兵将，叛军借谈判之机，绕到明援军后路焚烧了辎重，刘宇烈大惊率部拔营撤退时，被叛军在沙河掩杀的大败，神机营的火炮也落入了叛军手中。

辽将孙应龙因为与耿仲明旧交甚好，写书信一封劝降耿仲明，耿仲明将计就计，随便找了一个人头送了过去，说他已经斩了孔有德，让孙应龙迅速来受降，孙应龙高兴的率领海军舰队从天津直奔登州，刚一上岸就被耿仲明斩杀（这义气？），大量的军舰也成了叛军的战利品，凭借缴获的军舰，叛军打退了皮岛总兵黄龙从海路的进剿。在陆地的进攻中，叛军又攻克招远，虽然攻莱阳不克，而莱州还在围困中，但叛军的气焰还是在日益嚣张，山东局势就此糜烂。

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