真正负责翰林院事务的是挂着掌院学士头衔的都知院事。
翰林院下属殿中司、詹事府，国史馆、成均馆、集贤馆、文渊阁。
保和殿、中和殿、文渊阁、昭文阁大学士、学士是专给内阁要员们挂职用的。大学士，学士，只是一种称呼头衔，无品级。
殿中司，翰林院最核心的两个部门之一。里面的知制诰负责皇帝诏书赦令的拟定，知承旨负责把诏书传递到中书省，由其会同门下省公布，知制诰和知承旨为从五品。一般知制诰和承旨的职位也会同时授予某人身上，也称都知制诰承旨，正五品。皆称为内制事。
成均馆是另一个核心部门，它主要皇帝和内阁做咨询，也负责给皇帝、宗室、大臣们讲课，所以成均馆学士一般也叫侍讲/侍读学士。
大秦朝沿袭前周习惯，非侍讲/侍读学士不得拟定制令。即中书舍人、知制诰承旨必须是成均馆学士。而要想进成均馆，必须是庶吉士出身。而为中书侍郎、门下侍郎或尚书仆射等宰辅阁相者，必须有当过中书舍人或知制诰承旨的经历。所以才有非庶吉士不得为相的说法。
国史馆，顾名思义，就是修前朝国史，而加国史馆学士，只是一种荣职，并不真正来修史。集贤馆，则是给一些学术拔尖、或精通杂学的文官特殊的荣誉职位。
武官系统，大秦朝沿前周制，有文武科举。武科举分州试、省试和会试。由州守备、行省总兵府和都督府主持。
武官之首为上将军，正二品，一般都是虚职，由王子遥领（一旦遥领即默认为太子）。
以下为五军大都督府，上将军即兼兵马大都督，再分中前后左右五军都督。中军都督为大都督府实际主持者，负责大秦朝的军备防务，以大都督府的名义任命各级军官武将。只有皇帝授权，方有调兵权。中军都督也称为为大司马，从二品。
前后左右四军都督为中军都督的副职，正三品，负责管理参军、辎重、情报、武备等大都督府下属各司。各司主官为都司，从三品，副职为都监，正四品。
各行省指挥使，边疆军镇的军兵马统制一般为从四品，镇兵马统制一般为正四品，全称为提督某某行省等处兵马指挥使，或统制某某军镇兵马指挥使。两者的区别是统制有部分便宜行事的权力，对属下将领军官的支配权更大些。兵马提督和兵马统制加普通将军号（包括镇守京师的镇朔、金吾、龙虎）一般为从三品。加镇东西南北将军号的，为正三品，加征东西南北将军号的为从二品。
五府守备为从正四品，要州守备为正五品，上州守备为正六品，中州守备从六品，下州守备正七品。总兵官和守备之间还有某州防御使，即巡视以某州为核心的某几州地区的防务兵备，为总兵官的佐官，从五品或正五品。
中下县尉从八品，上县尉正八品，下面还有巡检，即驻守要害关隘的军官，从九品到正九品，为县尉佐官。
军队中分小旗、旗把总，都是未入流，类似士官、士官长，总旗从九品（连级，小旗十人，把总领三十人，总旗领百人）、幢武侯（副职），正九品，幢都武侯（正职）从八品（幢领五百人）；队虞候（副职）正八品、都虞候（正职）从七品，营提辖（副职）正七品，都提辖（正职）从六品。小旗为基本作战单位，营是最高常规单位，以上就是军、镇，如泰宁军先锋营，或东宁镇前锋营。都提辖以上有管领，正六品，都管领，从五品，都是兵马统制下属，负责领兵，兵额不定，可能一营，也可能两营。还有负责辎重粮草的提调、负责军纪的提监，分别为正五品，为兵马统制官的副职助手。
中军都督可加柱国衔，为领班军机，协办军务的左右军都督可加上护军衔，加护军的节度使（以上皆为武将，需边镇军帅出身，为边镇地方军代表），枢密使（皇帝代表）、同知枢密使（文官代表）组成军机班，直接负责处理军务，一般七到九人。
五军都督、节度使、枢密使、同知枢密使以上皆称之为太尉。其中节度使可为军镇主将，称之为节帅或军前太尉，也可出巡边关或地方，巡视防务军备，此时被称为检校太尉。只有加了护理军务的护军头衔，不再兼任军镇主将的节度使，被称之为上护军（上三节度使）或左右护军（十二节度使），才可入班军机，协理军务（作为军队的代表）。
武官也分十八级，从从九品的旗把总到正四品的总兵和兵马统制，再到正一品的上节度使。（地方为总兵，边关军镇为兵马统制）
加将军号。一般在边关军镇，给某一军镇兵马统制加将军号，意味着他对该战区有节制权，一旦发生外敌入侵，或叛乱等大事，可以临机处置，调动辖区兵马御敌和平叛，但必须及时向军机班和内阁报备。
如关东一般加镇夷将军号，西北一般加平戎、征戎、镇戎将军，漠北一般加平虏、征虏、镇虏将军，西南和南边一般加平蛮、镇蛮、安蛮将军。负责北直隶安全、京师外面总预备队的北外大营统制加奋武将军，负责南直隶外围安全的加奋威将军。京营都指挥使加镇朔将军号，侍卫司都指挥使加金吾将军号，殿前司都指挥使加龙虎将军号。
如果遇到大的外敌入侵的战事，一般加镇东西南北将军号，负责东西南北方向的防务。如果要出征外敌，一般加征东西南北将军号。只有加了这些将军号，才有调兵权，地方必须配合粮草。如果武将不仅加将军号，还加了节度使号，就称为节帅，等于前汉晋的持节，战时可斩杀麾下违反军令的文武官将。
枢密院名义上属于兵马大都督府的常设办事机构，但实际上枢密使是皇帝的代表，同知枢密使是文官的代表。它只是负责代表皇帝和文官体系沟通和监察武官体系。
文武官员，从正九品官称为末流官，从八品官到正六品官，都叫外官，就是还有没有资格上朝的官员。从正五品官，叫殿下朝官，就是有资格到殿外排着上朝了，从四品以上，叫殿上朝官，属于有资格上朝的高官了。正职，可以坐在大堂上执掌权柄的叫堂上官，其余叫堂下官。